I sjeldne tilfeller kan Botox gi en forbigående svekkelse av nærliggende muskler, for eksempel muskelen som løfter øvre øyelokk. Infeksjon er også en mulighet, men svært sjelden. Enkelte pasienter har rapportert om hodepine. Fordi effekten av Botox er forbigående, er også bivirkningene forbigående.
På sykehus brukes Botox til behandling av pasienter med muskelspasmer. Disse (hvorav mange barn) får mye større doser enn det man gir mot rynker. Likevel oppleves også her sjelden problemer.
Personer med visse nevrologiske sykdommer som gir muskelsvakhet, samt personer med alvorlig hjertsykdom, bør unngå Botox. Symptomer på alvorlige bivirkninger av Botox som krever øyeblikkelig legekontakt er puste-, tale- og svelgvansker.